תשובת הראל שפירא:
אמת הדבר, שבמספר כתבי יד של המשנה, מסכת מכות היא המשכה הישיר של מסכת סנהדרין, ואיננה מסכת נפרדת וחדשה, וכך משתמע גם מדברי חלק מהראשונים. לעומת זאת, הרמב"ם (בהקדמתו לפירוש המשניות) דחה אפשרות זו וכתב: "אמנם מסכת מכות, יש נוסחאות שהיא מצורפת בהן למסכת סנהדרין ונמנית עמה, שמאחר שאמר 'אלו הן הנחנקין' צרפו אליו 'אלו הן הלוקין'; וזה אינו נכון, אלא היא מסכתא בפני עצמה, ונסמכה לסנהדרין הואיל ואין מלקים ועונשים אלא השופטים". כך גם עולה באופן פשוט מדברי הגמרא בתחילת מסכת שבועות (ב ע"ב): "מכדי תנא ממכות סליק...", והרי לנו אם כן, שלפני בעל מימרה זו, מסכת מכות היתה מסכת נפרדת ממסכת סנהדרין ושֵם יש לה בפני עצמה. וכך גם בכל הדפוסים הקיימים כיום, שתי המסכתות הללו מופיעות כמסכתות נפרדות (11 פרקים במסכת סנהדרין, ו-3 פרקים במסכת מכות), ולא כמסכת אחת בעלת 14 פרקים.
בעיה נוספת לכאורה, שלא ציינת בשאלתך, בנוגע לעריכת "סיום" למסכת סנהדרין, מתייחסת לקטעים שהושמטו במסכת זו בגלל הצנזורה. בדף מג ע"א ובדף קז ע"ב הושמטו קטעים גדולים העוסקים בעניינו של "אותו האיש" (י'מח ש'מו ו'זכרו), ובמקומות נוספים במסכת הושמטו מילים בודדות כאשר עסקו בעניין זה או בעניין הדומה לכך. לאור פעולת הצנזורה, היה אולי מקום להתלבט, אם אכן מי שסיים ללמוד את מסכת סנהדרין, כפי שהיא מודפסת לפנינו, אכן נחשב הדבר שסיים את המסכת כולה, או שמא לא נחשב שסיים את המסכת כולה מכיוון שלא למד את הקטעים שצונזרו במסכת זו.
בבעיה זו, כבר עסק הרב אריה צבי פרומר מקוז'יגלוב, ראש ישיבת חכמי לובלין שבפולין (בשו"ת ארץ צבי, ח"ב, סימן עד), ותשובתו היתה, שניתן לערוך סיום על מסכת שהושמטו ממנה קטעים ע"י הצנזורה, ומשני טעמים.
ראשית, הרב פרומר טען, שמי שסיים לימוד של מסכת שצונזרה, שמחתו שלמה, כיוון שאינו מרגיש בעצמו שחסר לו מאומה להשלמת המסכת, כיוון שאין דרך שום בן תורה ללמוד את הקטעים שצונזרו, וגם הוא אינו עתיד ללמוד זאת, ואין זה מונע שמחתו והפקת רצונו, ולכן, כיוון שיש לו שמחה של מצווה שלמה, נחשב הדבר ל"סיום".
שנית, חידש הרב פרומר, שעצם העובדה שיד הצנזורה הצליחה לשלוט בקטעים אלו, הרי שיש מקום לומר, שזה רק מכיוון שבאמת אין קטעים אלו מהווים חלק אינטגרלי מהמסכת עצמה. שהרי אם לא כך היה הדבר, יד הצנזורה לא היתה מצליחה להוציאם מן המסכת, כפי שהבטיחנו הקב"ה בתורה (דברים לא, כא): "כי לא תשכח מפי זרעו". אלא שפשוט הדבר, שהיתה בכך סיבה מיוחדת מן השמיים שיהיה נמחה זכרונו מן הספר. לכן, מי שסיים מסכת גמרא ללא הקטעים שצונזרו, הרי שבאמת לא החסיר דבר בלימודו כלל וכלל. וכך גם מובא בשמו של הגר"ח קנייבסקי (בקונטרס "הדרן עלך" המודפס בסוף החוברת "כבוד התורה", עמוד ד): "הקטעים שחסרים בש"ס הבבלי והירושלמי מפני הצנזורא וכדו' אינם מעכבים בסיום, דהעיקר ששמח בלימוד שלפניו".
לאור כל הנ"ל, נראה פשוט וברור, שניתן לערוך "סיום" על מסכת סנהדרין, ובכך להוקיר ולחזק את הלומדים, להרבות כבוד תורה, ולעודד לומדים נוספים להצטרף למפעל המופלא של לימוד הדף היומי. נציין עוד, שמעולם אף לא שמענו ולא ראינו מי שנמנע מלערוך "סיום" למסכת סנהדרין לאור החששות שהוזכרו לעיל, וגדול כוח המנהג.

תשובת צוות ישיבת פתח-תקוה:
אני מתנצל על העיכוב בתשובה, הדבר נבע מתקלה טכנית.

נהוג לעשות סיום על מסכת בגמרא בלבד, ועל סיום של סדר שלם במשניות. נוסח הסיום נמצא בסוף הסדר במשניות קהתי, ובסוף מסכת בדפוסי הגמרא. תוכל להשוות ביניהם.

עקיבא